Eli Wallace un jeune prodige désoeuvré est recruté par une branche secrète de l'armée pour travailler sur la base « Icare ». Située sur une exoplanète au noyau très énergétique cette base est la seule dont la porte pourrait activer le mythique 9ème chevron. Alors qu’Eli fait la connaissance de Chloé la fille d'un sénateur de Scott un jeune lieutenant charismatique et du reste des occupants de la base Icare est attaquée. Au lieu d'évacuer tout le monde vers la Terre le docteur Rush responsable scientifique taciturne décide d'entrer le 9ème chevron. La porte des étoiles conduit alors les réfugiés à bord du Destinée un antique vaisseau spatial lancé il y a des millions d'années par les Anciens.

Après des millénaires dans l'espace le vaisseau Destiny est en piteux état : les systèmes de survie sont défaillants et la coque d'une des navettes est percée laissant échapper de l'air. Les survivants doivent s'organiser : le vaisseau est passé en Vitesse Supra Luminique et il semble qu'il n'y ait aucun moyen de rallier la Terre. Rush utilise les pierres de communication Anciennes pour contacter le général O'Neill. Les techniciens désespèrent : le sas de la navette endommagée est bloqué et ne peut être condamné que de l'intérieur. Le sénateur Armstrong père de Chloé est gravement blessé : il décide de se sacrifier pour fermer le sas et tenter de sauver les réfugiés. Malheureusement le répit qu'il leur accorde est de courte durée : si les systèmes de filtrage de l'air ne sont pas réparés tous les occupants du vaisseau vont mourir asphyxiés.

Le vaisseau repasse en vitesse conventionnelle près d'une planète désertique. Rush suppose que c'est parce qu'elle est susceptible de leur fournir l'élément nécessaire aux réparations du système de survie. Mais d'après le compte à rebours de la salle d'embarquement les explorateurs n'ont que quelques heures avant le prochain saut Supra-Luminique. Sur la planète les explorateurs se séparent pour tenter de trouver le carbonate de calcium. Le groupe d'Eli renonce vite : 2 scientifiques veulent utiliser la télécommande de la porte des étoiles pour explorer une planète à proximité. Eli prévient Scott qui envoie Greer les arrêter. Scott seul sous le soleil du désert commence à souffrir d'hallucinations. Il aperçoit un étrange tourbillon de sable qui lui indique où trouver le minéral nécessaire.

Les réserves d'énergie du Destinée s'épuisent à vitesse grand V et Rush n'arrive pas à comprendre d'où vient le problème. Pour ne pas aggraver la situation le colonel Young ordonne à tout le monde de limiter les dépenses d'énergie mais cela ne suffit pas et le vaisseau se retrouve en panne d'énergie. Plus rien ne fonctionne à part le système de survie. Heureusement le vaisseau arrive dans un système solaire dont trois des planètes semblent pouvoir accueillir l'équipage en cas de défaillance du système de survie.

Suite à la défaillance de tous les systèmes de bord le Destinée plonge tout droit vers une étoile. Pour éviter la mort certaine de tout l'équipage le colonel Young tire au sort les noms de quinze personnes qui essaieront de rejoindre une des trois planètes habitables du système solaire à bord de la dernière navette du Destinée.

Les réserves d'eau du Destinée baissent de manière inexplicable. Le colonel Young fait garder le réservoir car il soupçonne des évacués mécontents du rationnement de voler des rations. Le Destinée sort de VSL près d'une planète gelée où Rush espère trouver de la glace d'eau pure. Young et Scott enfilent les deux seules combinaisons spatiales disponibles pour explorer le monde glacé et chercher l'eau qui fait cruellement défaut à l'équipage. Tamara aperçoit une sorte de nuage composé de grains de sable. Elle pense que les créatures que Scott pense avoir vu sur la planète désertique commencent à envahir le vaisseau.