シカゴメッド救急部門のオープニング式典の最中、電車の脱線事故が起きて負傷者が押し寄せ、病院の管理者シャロン・グッドウィン（S．エパサ・マーカーソン）を始め医師や看護師たちは対応に追われる。新任の外傷外科医コナー・ローズ（コリン・ドネル）、小児科専門医で妊婦のナタリー・マニング（トーリー・デヴィート）、3年目のレジデント、ウィル・ハルステッド（ニック・ゲルファス）、軍人あがりのイーサン・チョイ（ブライアン・ティー）、看護師のエイプリル・セクストン（ヤヤ・ダコスタ）、精神科医長のダニエル・チャールズ（オリヴァー・プラット）らは力を合わせて患者の命を救う。医学生サラ・リース（レイチェル・ディピッロ）は、救急医療現場の厳しさにとまどいつつも様々な事を素早く吸収していく。

EDに血まみれの少女が運び込まれ、イーサン・チョイ医師（ブライアン・ティー）は路地で、産み落とされたばかりの瀕死の赤ん坊を見つけ蘇生した。少女に怒りを感じるイーサンは、処置の仕方で小児科医ナタリー・マニング（トーリー・デヴィート）と衝突。少女が素行の悪さから殺人未遂に問われる可能性があると知り、病院の管理者シャロン・グッドウィン（S．エパサ・マーカーソン）は苦渋の決断を下した。ウィル・ハルステッド医師（ニック・ゲルファス）は、妻の尻に敷かれ、心因性の胸の痛みを訴える患者を診察。一方、医学生サラ・リース（レイチェル・ディピッロ）と精神科医ダニエル・チャールズ（オリヴァー・プラット）は認知症の患者を診察したが、結局別の病気である事が判明した。

コナー・ローズ医師（コリン・ドネル）は、ガラスの破片が突き刺さって大怪我をした友人の処置をすることになり、同行してきた妹のクレア・ローズ（ゲストスター：クリスティーナ・ブルカト）と再会、過去と向き合う事に。一方ナタリー・マニング医師（トーリー・デヴィート）は若いミュージシャンの命を救うため、聴力を犠牲にしてでも手術を受けるよう説得する。

シカゴメッドの医師たちは、映画館で起きた銃乱射事件の犠牲者たちの治療に当たる。その間病院の管理者シャロン・グッドウィン（S．エパサ・マーカーソン）はマスコミの阻止に努める。摂食障害のある十代の少女を診察したナタリー・マニング医師（トーリー・デヴィート）は、ダニエル・チャールズ医師（オリヴァー・プラット）の協力を求める。しかし彼のユニークな方法は、ナタリーと患者の母親に不信感を抱かせる。一方、看護師のエイプリル・セクストン（ヤヤ・ダコスタ）、ウィル・ハルステッド医師（ニック・ゲルファス）、イーサン・チョイ医師（ブライアン・ティー）は、人種差別意識の強い患者の治療をするが、彼女のあまりに偏った考え方にあきれてしまう。

シカゴ・ファイアの消防士が瀕死の重傷を負い、シカゴ・メッドのスタッフは複数の事件に奇妙なつながりがある事に気がつく・・・3パートに分かれたストーリーは『シカゴ・ファイア』とクロスオーバーし、翌晩の『シカゴPD』で完結する。ナイフで襲われた消防士の症状が突然悪化し、コナー・ローズ医師（コリン・ドネル）とトニ→サム・ザネッティ（ゲストスター：ジュリー・バーマン）は時間との勝負に追い込まれる。消防士たちのあいだに、コナーの判断が遅すぎたせいだとの噂が広まり、その場は気まずい空気に包まれる。ナタリー・マニング医師（トーリー・デヴィート）にいよいよお産の兆しが現れてきた。そして看護師のエイプリル・セクストン（ヤヤ・ダコスタ）の弟で医学生のノア（ゲストスター：ローランド・バックⅢ）は、医学研修の初日を何とか乗り切ろうと奮闘する。一方、シカゴ警察特捜班は、燃えたビルから意識不明の状態で51分署に救出された女性について、自殺未遂か他殺かを検証する。その結果、ほかの2人の患者との驚きの共通点が浮かび上がる。

飛行機の機体に隠れて密航し重傷を負った外国人2人が搬入され、国土安全保障省の捜査が入った。コナー・ローズ医師（コリン・ドネル）の父コーネリアス・ローズ（ゲストスター：DW・モフェット）は病院の精神科病棟を新設するために巨額の寄付をするが、ローズ一家の暗い秘密が明るみに。ナタリー・マニング医師（トーリー・デヴィート）がついにお産に入り、ウィル・ハルステッド医師（ニック・ゲルファス）が善意で手伝っていたが、ナタリーの義母ヘレン（ゲストスター：アニー・ポッツ）に誤解されてしまう。同じ頃、ある少年が不治の病だという事が判明、弟も同じ病に冒されている可能性がある。家族に報告をしなければならなくなったサラ・リース（レイチェル・ディピッロ）は、チャールズ医師（オリヴァー・プラット）に助言を求める。