머나먼 미래, 인류는 황폐한 땅 위에 인공 도시 '플랜테이션'을 세운다. 그 안에 자리한 파일럿 거주지역 '미스틸테인'에는 끝없이 펼쳐진 하늘을 나는 것이 어떤 기분인지 알지 못한 채, 정체불명의 거대 생명체 '규룡'에 맞서 싸우는 로봇 '프랑키스'의 조종사로 키워지는 아이들이 있다. 이들 중 한 명인 히로는 낙오자가 되었다고 상심해하던 차에 머리에 뿔이 달린 소녀 제로투를 만나 자신의 운명에 도전하기 시작한다.