내의원 최고 날라리 의관 최원은 꾀병을 핑계로 땡땡이까지 치고, 오직 딸 랑의 노채 치료에만 몰두한다. 어느 날, 중종의 병환이 위중하자 세자 이호는 원에게 임금의 치료를 명하지만, 원은 이를 거부하는데... 한편, 문정왕후와 소윤파는 세자를 독살할 계획을 세우고 이호의 주치의인 민도생을 협박해 세자의 탕약에 짐독을 넣게 한다. 그즈음 이호는 소윤파의 위협 속에 믿고 의지할 사람이 필요해, 원에게 동궁전 담당 의관이 되라 명하지만 원은 세자의 명을 외면한다. 그리고 노채 치료법이 담긴 [금궤부영방]을 얻기 위해 금서고에 잠입하는데...

소윤파의 소행으로 동궁전에 화재가 나고, 입진하러 들어간 원은 이호를 구출한다. 이호는 이 사건을 불문에 부치기로 하고, 원을 찾아가 딸의 치료를 도울 테니 자신의 곁을 지켜 달라 청하는데, 끝내 원은 이호의 청을 거절한다. [금궤부영방]을 돌려놓기 위해 다시 금서고에 들어간 원은 궐내 병사들에게 쫓기던 의녀 다인을 돕다 금서고에 함께 갇히고, 둘만의 시간을 갖게 된다. 다음 날, 민도생은 금서고에서 살해된 채 발견되고, 원은 살인 누명을 쓰게 되는데...

원은 민도생 살인범으로 몰려 의금부도사 이정환에게 추포되고, 그의 일가는 풍비박산 난다. 급기야 노채를 앓고 있는 딸 랑의 상태도 심각해지는데...한편, 다인은 최원이 그토록 간절히 찾던 생명의 은인임을 알게 된다. 하지만 자신이 금서고에 떨어뜨린 노리개 때문에 원이 살인자로 몰렸다는 사실을 알고, 그의 결백을 증언하러 의금부로 달려가는데...

원은 거칠을 구출하려는 화적패의 도움으로 파옥한다. 곧바로 집으로 간 원이 랑을 데리고 도주하고 그 뒤를 이정환이 바짝 추격한다. 결국 원은 이정환과 관군들에게 쫓기던 중 절벽에서 떨어지는데...한편, 원의 파옥 사실에 세자 이호와 소윤파 등 궐 안팎에서 촉각을 곤두세운다. 사건의 재수사를 부탁하러 의금부로 갔던 다인은 민도생의 시신을 다시 살피고 싶은 마음에 검험실로 잠입하는데...

원은 다인이 노리개를 갖고 있던 사연과 그녀가 찾던 은인이 자신임을 알게 되고, 환부를 치료해주는 그녀의 손길에 진심을 느껴 오해를 푼다. 다인은 원에게 이정환이 재수사를 약속했다 전하고, 원은 곧 누명을 벗을 수 있단 희망을 품는다. 그리고 얼마 후 민도생이 남긴 ‘거북 구’자가 도약사령 덕팔을 가리킨다 확신한다. 한편 심곡지사의 수장 천봉은 궐로 잠입해 이호에게, 민도생이 얼마 전 서각을 구해 간 사실을 말한다. 세자 이호는 천봉의 말을 단서로 민도생 살인사건과 세자 독살의 배후를 밝히는 데 더욱 박차를 가하는데...

거북구가 덕팔이라 믿고 쫓던 원은, 거칠의 상태악화로 의원을 찾던 소백과 꺽정 손에 끌려 산채로 간다. 원 몰래 도망 간 덕팔은 복부 창상으로 위독한 만삭의 부인과 다시 잡혀 오고, 원은 덕팔의 부인까지 살려야 하는 상황에 놓인다. 다인은 장홍달의 감금령에도 불구하고 랑을 치료하기 위해 몰래 탈출을 감행한다. 소윤파는 덕팔이 원에게 잡혔단 소식에 병력을 총동원해 원을 잡으려 하는 한편, 이정환은 원을 쫓는 제 3의 무리(도문)와 칼을 겨누며 그 정체를 밝히려 하는데...