머나먼 미래, 인류는 황폐한 땅 위에 인공 도시 '플랜테이션'을 세운다. 그 안에 자리한 파일럿 거주지역 '미스틸테인'에는 끝없이 펼쳐진 하늘을 나는 것이 어떤 기분인지 알지 못한 채, 정체불명의 거대 생명체 '규룡'에 맞서 싸우는 로봇 '프랑키스'의 조종사로 키워지는 아이들이 있다. 이들 중 한 명인 히로는 낙오자가 되었다고 상심해하던 차에 머리에 뿔이 달린 소녀 제로투를 만나 자신의 운명에 도전하기 시작한다.
에피소드 1
외톨이와 외기러기
제13도시 '세라수스'의 패러사이트 후보생인 히로는 한때는 신동이라 불릴 정도로 뛰어난 조종실력을 지녔으나, 사전 테스트를 통과하지 못하고 존재의 의미 자체를 잃어버린다. 낙오자라는 패배감에 젖어 패러사이트 입대식도 빠지고 무작정 숲으로 향한 그는 호수에서 유유히 수영을 즐기는 머리에 뿔이 달린 소녀와 마주친다.
에피소드 2
이어진다는 것
제로투와 함께 프랑키스 '스트렐리치아'에 탑승한 기억이 거의 남아있지 않은 히로는 불안감에 휩싸인다. 한편, 멀쩡하게 돌아온 히로를 흥미롭게 주시하던 APE는 그의 실력을 파악하기 위해 모의전을 기획한다. 소속이 다른 제로투 대신 13부대의 이치고가 히로의 파트너를 자처하고 나선다.
에피소드 3
싸우는 인형
모의전에서의 일로 히로와 이치고의 사이는 어색해진다. 모의전의 결과에 상관없이 패러사이트 관리관인 나나와 하치 또한 히로를 주시하기 시작하고, 히로는 다시 한번 스트렐리치아에 탑승하고 싶다는 마음을 키워나간다. 한편, 정식 패러사이트가 아닌 히로를 제외한 모든 아이들이 첫 번째 규룡 토벌 작전에 동원된다.
에피소드 4
플랩 플랩
심각한 위기 상황에서 히로 대신 제로투와 함께 스트렐리치아에 탑승했던 미츠루는 만신창이가 된 모습으로 돌아오고, 이후, 제로투에 관한 흉흉한 소문이 퍼져나가기 시작한다. 한편, 정식 패러사이트가 아닌 히로는 자신이 조종사로 남을 수 있는 유일한 방법은 스트렐리치아에 오르는 것뿐이라고 확신한다.
에피소드 5
너의 가시, 나의 증표
지난 전투에서 엄청난 활약을 보인 후로 히로의 성격은 부쩍 밝고 당당해졌지만, 그의 몸 상태는 점점 더 나빠지기 시작한다. 그리고 그 모습을 지켜보던 고로의 마음에 만감이 교차한다. 한편, 나나와 하치는 규룡의 대규모 습격이 예상되는 상황에서 다시 한번 스트렐리치아를 출격시키기로 한다.
에피소드 6
달링 인 더 프랑크스
대규모 규롱과의 싸움에 나선 26부대와 13부대. 짐짝 취급을 받으면서도 스트렐리치아는 아껴두려던 이치고, 고로의 작전과는 달리 스트렐리치아는 예상보다 빨리 출격하게 되는데.
우에무라 유토
고토 히로키
하야미 사오리
이시가미 시즈카
야마시타 나나미
우메하라 유이치로
하마노 다이키
코시미즈 아미
이치카와 아오이
이치노세 카나
토마츠 하루카