평화로이 항해 중이던 USS콜로라도 함에 비상 통신망을 통해 핵미사일 발사 명령이 들어온다. 채플린 함장과 켄달 부함장은 뭔가 이상함을 느끼고 상부에 정상 통신망을 통해 확실한 명령을 내려줄 것을 요청한다. 그러나 USS 일리노이함으로 부터 미사일 공격을 받고, 사상자가 발생한다. 미국 정부에서는 파키스탄에서 USS 콜로라도 함을 격침시켰다며 파키스탄에 미사일을 발사하는데...

세인트 마리나 섬을 점거한 콜로라도 함의 대원들은 섬 주변을 무인지대로 선포한다. 결국 섬 주변으로 병력이 강하하고 승조원들은 이들과 맞선다. 한편 미국에선 정부 요원들이 켄달 부함장의 아내 크리스틴을 취조하며 그를 설득하려고 하고, 콜로라도 함의 대원들은 내부 갈등이 일어나기 시작하는데...

채플린 함장과 대원들은 러시아 부대와의 교전으로 혼란한 상황이 지난 후 동료들 몇몇이 사라진 사실을 알게 된다. 채플린 함장은 탈영이 아닌 실종으로 판단하고 대원들을 찾아 나선다. 실질적인 섬의 시장으로 군림하는 세럿은 납치한 승조원들을 볼모로, 채플린 함장에게 봉쇄선에 있는 마약을 운반해줄 것을 요구하는데...

정부는 섬으로 협상단을 보내 채플린 함장과 극적인 타결을 모색한다. 협상에 나선 채플린과 샘. 그러나 정부에서는 함장과 부함장을 비롯한 전원을 감옥에 보내겠다고 선언한다. 채플린과 켄달 부함장은 정부 협상단과 두뇌 싸움을 벌이고, 그 사이 잠수함을 지휘중인 그레이스는 아군 잠수함들의 공격을 받는데...

의문의 괴한들이 섬의 물에 화학 약품을 풀어 섬의 주민들을 비롯한 콜로라도 함의 승조원 모두 정신을 잃는다. 켄달 부함장은 혼미한 정신으로 잠수함과 동료들을 구하기 위해 고군분투하고, 제임스가 켄달 부함장과 함께 섬에 침투한 특수부대에 맞서는데...