Après qu'une bombe ait dévasté un immeuble d'appartements résidentiels, les agents du FBI du bureau de New York, Maggie Bell et Omar Zidan, enquêtent sur la possibilité d'une guerre entre gangs rivaux. Ce, jusqu'à ce que leur principal suspect soit sauvagement assassiné.

Lorsqu'une dizaine de personnes meurent empoisonnées dans un deli, les agents Bell et Zidan découvrent une coupable improbable : une lycéenne ayant été endoctrinée sur internet. Sous l'apparence d'un mouvement de métal anarchiste, un site internet se révèle une plateforme d'endoctrinement djihadiste. Bell et Zidan vont devoir traquer les jeunes filles endoctrinées pour remonter jusqu'à Greenbird, un dangereux expert en armes chimiques qui ne compte pas s'arrêter là dans les meurtres de masse.

Les agents du FBI, Maggie Bell et Omar Zidan, ainsi que leur équipe enquêtent sur les meurtres de 18 jeunes femmes avec l'aide d'une survivante. Celle-ci s'avère être la sœur d'une autre jeune femme disparue. Les premiers éléments les mènent à des trafiquants ukrainiens et un site d'escortes.

Les agents du FBI, Maggie Bell et Omar Zidan, doivent retrouver rapidement un sniper dont le motif est incompréhensible tandis que les morts ne cessent d'augmenter. Les premiers tirs ont lieu dans un centre d'affaire alors que la deuxième série se situe dans un quartier résidentiel. Aucun lien ne paraît relier les victimes et les premières investigations pointent vers l'une d'entre elles, un assistant du procureur de New York.

Une inspectrice de sûreté nucléaire est retrouvée morte dans l'enceinte d'une centrale où elle travaillait. Les agents Bell et Zidan trouvent un lien entre cette femme et l'un des dix fugitifs les plus recherchés du FBI, ayant fui à Cuba après avoir alerté le public des failles de sûreté dans ladite centrale, et de la réticence des dirigeants à les rétablir. Le lanceur d'alerte et la victime étant en réalité mariés, Bell et Zidane vont devoir trouver, parmi les employés de la centrale, qui pourrait avoir profité du crime.

Afin de retrouver rapidement la fille du sénateur Gary Lynch, les agents du FBI vont devoir fouiller dans son passé pour identifier si les proches sont impliqués.