Mike Fukanaga est un lycéen maladroit qui découvre qu'il est issu d'une longue lignée de Ninjas. Il devient alors le leader d'une équipe de combattants du crime, connus sous le nom de Supah Ninjas.

Katara, une voleuse d’œuvres d'art experte au lancer de couteaux, s'attaque aux Musées d'Empire City. Le père de Mike, Martin, est chargé d'assurer la sécurité d'une exposition archéologique prestigieuse. Pour la première fois depuis la mort de sa femme, il accepte de sortir avec une jeune femme célibataire qui semble avoir de nombreux points communs avec lui. Mais lorsque Mike soupçonne la douce Katherine d'être Katara la voleuse, il n'a plus qu'une chose en tête, protéger son père.

Un prisonnier énorme s'échappe de la prison, faisant exploser les murs grâce à son poids. Harley Deux tonnes commence à ravager la ville et les Supah Ninjas l'arrêtent. Mais ils sont étonnés qu'il se soit rendu aussi facilement et Amanda fouille dans son passé. Elle découvre qu'Harley était le chef du Gang des Ravageurs et que tous ses membres sont à la Prison Centrale, sauf Harley qui était dans une autre prison.

Echec et mat, un mystérieux criminel aux motivations obscures, oblige ses victimes à jouer un jeu mortel. Nos trois jeunes ninjas vont devoir échapper aux pièges tendus par le joueur d'échec. Mais comment réussir à vaincre quelqu'un qui a toujours un coup d'avance ?

Les attaques de fourgons blindés se multiplient à Empire City. Elles sont l'oeuvre d'un gang appelé les Déflagrateurs qui commettent ces braquages en plein jour avant de se volatiliser mystérieusement dans la nature. Mike et ses amis décident d'aller enquêter sur le terrain et sont témoins d'un nouveau braquage. Durant la course poursuite, Owen parvient à démasquer l'un des malfaiteurs : il s'agit de James, l'un de ses amis d'enfance.

Un mystérieux voleur à la force surhumaine et aux yeux rougeoyants, a dérobé du syrium 131 dans un laboratoire. Les ninjas mènent l'enquête et découvrent vite que c'est en fait leur professeur de biologie, M. Bradford, qui avait travaillé dans ce labo, qui est le voleur. Il avait fait des expériences sur lui-même, mélangeant le syrium à le l'adn d'insecte, et avait été renvoyé pour cela.