Lors d'une plongée sous-marine de routine, l'océanographe Laura Daughtery (Lake Bell) découvre une forme de vie inconnue et dévoile une opération de camouflage du gouvernement, dirigée par le Dr. Aleksander Cirko (Rade Sherbedegia). Pendant ce temps, un pêcheur de la Louisiane, Richard Beck (Jay R. Ferguson), perd son frère lors d'un accident de plongée suspect, et un jeune homme, Miles (Carter Jenkins), empoche un œuf aquatique inhabituel, qu'il ramène chez lui. De l'Antarctique Sud au golfe du Mexique et jusqu'à San Diego et Monterey, quelque chose rôde dans l'eau. Avec Leighton Meester.

Miles (Carter Jenkins) essaye de nouer des liens avec son espèce non identifiée, qu'il baptise Nimrod, mais Savannah (Leighton Meester) décide d'organiser une fête en l'absence de ses parents. La créature s'échappe et sème la panique pendant la fête. Pendant ce temps, Laura (Lake Bell) et Rich (Jay R. Ferguson) essaient de parvenir sur l'île de Sullivan pour expliquer la mystérieuse carcasse retrouvée sur le rivage. Au lieu de cela, ils se retrouvent dans un centre d'évacuation, où ils subissent un interrogatoire. Avec Rade Sherbedegia.

Lee (Ian Anthony Dale) et Cirko (Rade Sherbedgia) se mettent à théoriser que l'espèce non identifiée réchauffe la planète : son creusage sous la surface de l'océan serait la cause du réchauffement climatique. Pendant ce temps, Laura (Lake Bell) est licenciée pour de fausses accusations de plagiat, et Rich (Jay R. Ferguson) se met à entendre la voix de son frère mort à chaque fois qu'il est en contact avec de l'eau. Ailleurs, Miles (Carter Jenkins) continue à s'occuper de Nimrod dans une petite cabane au fond de son jardin, jusqu'à ce qu'il soit frappé par la foudre. Avec Leighton Meester.

Lorsque Laura (Lake Bell) et Jackson (Austin Nichols) croisent l'une des espèces non identifiées en mer, Daughtery tire un dispositif de localisation sur elle, pour pouvoir suivre ses déplacements. Pendant ce temps, Rich (Jay R. Ferguson) se dit qu'il commence enfin à dépasser la mort de son frère, mais quand il voit des photos de gouffres semblables à celles de ses visions, il retombe dans la tristesse. Ailleurs, Cirko (Rade Sherbedgia) témoigne devant le Pentagone, clamant que cette espèce non identifiée est extrêmement dangereuse, tandis que Lee (Ian Anthony Dale) tente de le convaincre que non. Avec Leighton Meester et Carter Jenkins.

Qui a éteint les lumières...? Les gardiens de Nimrod, Miles (Carter Jenkins) et Phil (Eddie Hassell), également des amis de longue date, sont confrontés puis interrogés par des membres de la SPA lorsque le chien d'un de leurs voisins est porté disparu. Pendant ce temps, Laura (Lake Bell) et Richard (Jay R. Ferguson) continuent à traquer l'espèce non identifiée via un dispositif de localisation GPS depuis un embarcadère local, quand une panne de secteur soudaine met la ville dans le noir et détruit toutes leurs données numériques. Ailleurs, Cirko (Rade Sherbedgia) et Lee (Ian Anthony Dale), qui suivaient Laura en secret, l'invitent à s'associer à leur enquête. Avec Leighton Meester.

Un mort de plus. En étudiant une orchidée de mer, Cirko (Rade Sherbedgia) découvre l'origine de « l'espèce non identifiée ». Peu de temps après avoir raconté sa découverte à Lee (Ian Anthony Dale), il est mystérieusement renversé par une aventure et laissé pour mort. Pendant ce temps, l'assistant de Cirko, Singh (Shishir Kurup), réussit à s'enfuir d'une rafle dans un entrepôt avec l'orchidée et d'importants fichiers informatiques, ainsi que la clef d'un garde-meuble, avant de mourir sur sa pelouse. Ailleurs, Laura (Lake Bell) et Rich (Jay R. Ferguson) sont désormais en cavale : tout de suite après avoir récupéré l'orchidée, ils découvrent que la maison de Laura a été mise à sac par le gouvernement. Avec Carter Jenkins, Eddie Hassell et Leighton Meester.