いくつかの残虐な殺人事件の後、ボイト巡査部長に率いられた21分署は、シカゴにいるコロンビアの麻薬カルテルを追う。特捜班は、事件解明のカギとなる少年ディアンソニー（アイザック・ホワイト）を発見する。21分署内では、複雑なしがらみと部署間の対立が浮上し、彼らの一員が犠牲になる可能性も出てくる。一方、オリンスキー（エリアス・コーテス）は、新米のルゼック（パトリック・フルーガー）を警察学校から引き抜き、特捜班の一員に加えるのだった。

アントニオ（ジョン・セダ）の息子ディエゴが誘拐され、彼は、コロンビアの麻薬組織の仕業だと睨む。収監されているコロンビアの麻薬組織のリーダー、プルポ（アルトゥーロ・デル・プエルト）は、自分を釈放すれば、ディエゴが解放されるかもしれないとほのめかす。ハルステッド（ジェシー・リー・ソファー）は、リンジー（ソフィア・ブッシュ）に関する新しい情報を得る。ボイト（ジェイソン・ベギー）は、ディエゴの居場所を突き止めるために、アントニオに別の方法を提案するが・・・。

ボイト（ジェイソン・ベギー）と特捜班は、悪名高いギャング組織とつながりのある家に踏み込む。その捜査後、ルゼック（パトリック・フルーガー）は、職務上、そして私生活上、将来影響が残るかもしれないトラウマのために、カウンセラーを探すように言われる。その頃、ハルステッド（ジェシー・リー・ソファー）は、過去のいわくつきの人物たちと遭い、感情を高ぶらせる。

ハルステッド（ジェシー・リー・ソファー）が、ロディガー家を嫌う理由が、より明らかになる。オリンスキー（エリアス・コーテス）が、娘のレクシー（アリーナ・テーバー）を守ろうとし、ボイト（ジェイソン・ベギー）も、出所したばかりの息子を助けようとするなど親としての顔を覗かせ、彼らの家族関係が露見する。一方、特捜班は、布生地のような紙を使った高品質の偽造紙幣を発見し、偽造グループの捜査をする。プラット（エイミー・モートン）は、アトウォーター（ラロイス・ホーキンズ）とバージェス（マリーナ・スケルチアティ）に、ゴミ屋敷の住人を逮捕する任務を与える。そこで、二人は、ゴミ以上のものを発見することになる。

アトウォーター（ラロイス・ホーキンズ）とバージェス（マリーナ・スケルチアティ）は、新しいパトカーを与えられるが、決してキズをつけてはいけないという難題に直面する。錯乱した女性に遭遇し、特捜班は、多くの少女の命を脅かす麻薬密輸事件へとたどり着く。ボイト（ジェイソン・ベギー）が、過保護なまでにリンジー（ソフィア・ブッシュ）を守る行動のように、彼女が、ジャスティンを窮地から救い出そうとする際にも同じような形で出てしまう。その頃、オリンスキーが、張り込みの秘訣をルゼックに教えようとしたことが原因で、張り込み中のオリンスキー（エリアス・コーテス）とルゼック（パトリック・フルーガー）の間の緊張が高まってしまう。

ボイト（ジェイソン・ベギー）とアントニオ（ジョン・セダ）は、連続レイプ・殺人事件の捜査をするために、ニューヨーク市警の性犯罪特捜部のフィン（アイスT）とロリンズ（ケリー・ギディッシュ）に協力する。バージェス（マリーナ・スケルチアティ）は、自分が特捜班の一員にふさわしい人間だと証明する機会を得る。その一方で、リンジー（ソフィア・ブッシュ）は、ハルステッドに恋人のように装ってもらい、高校の同窓会に出席して、当時のライバルを見返そうとし・・・。