高校の化学教師ウォルター･ホワイトは、第二子を妊娠中の妻スカイラーと、脳性麻痺の息子ウォルター･ジュニアと3人で平凡な暮らしを送っていた。しかしある日、医者から末期の肺ガンで余命2年だと宣告される。自分の死後、残される家族の為に金を稼いでおきたいと考えたウォルターは、これまで培った化学の知識を生かして、高純度のメタンフェタミンを精製することを思いつく。

争いの中、ウォルターとジェシーはギャングを1人を殺してしまう。そして、生き残ったもう1人のギャングをジェシーの自宅の地下室に監禁する。ここまできてはもう後戻りはできないと悟る2人。どうやってギャングの死体を始末するか、そしてまだ息のある方をどう処理するのか…。2人の意見はなかなかまとまらない。話し合いの末、ウォルターは学校から化学薬品を持ち出すことに。

ウォルターの妻スカイラーは、夫の行動が怪しいことに気がつく。一方で、ウォルターの息子ジュニアにドラッグ使用疑惑が持ち上がる。葛藤の末、監禁していたギャングの命をウォルターが奪う。それを後ほど知ったジェシーは、ますます後には退けない状況に立たされていることを確信する。不信な行動に言い逃れできなくなったウォルターは、遂にスカイラーに自分の病気を打ち明け…。

2人のギャングはウォルターたちにより葬られたが、ハンクがその2人を追っていることをウォルターは知る。ウォルターの家族と友人たちは彼のガン治療のためにあらゆる試みをする。病気の治療にかかる莫大な費用をどう調達するのか、頭を抱えるウォルター。一方でジェシーも苦悩していた。馴染みの客からドラッグを頼まれてしまい、何としてでも追加で製造しなくてはならなくなったのだ。

妻スカイラーのため、彼女が望む治療を受ける決心をしたウォルター。ドラッグ製造のために必要な薬品と器材を盗み出したウォルターとジェシーだったが、ハンクの捜査の手は徐々にウォルターに伸びていた。ジェシーはトゥコという大物ボスを紹介され大掛かりな取引を提案する。ウォルターは自作の爆薬を手にトゥコのところまで出向き…。