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젊은 FBI 요원이 동료 요원에 대한 감시 임무를 부여받지만, 불가사의하고 설명되지 않은 현상에 대한 그의 조사에 관심을 느끼게 된다.

외계 기술로 만든 항공기를 조종했을지도 모르는 시험 조종사가 사라지고, 멀더와 스컬리는 진실을 찾기 위해 자국 정부를 거역해야 한다.

멀더와 스컬리는 30년마다 잔인한 연쇄 살인을 저지르는 인간과 비슷한 존재를 추적한다.

멀더는 자신이 어렸을 때 경험한 ‘조우’와 비슷한 사건을 해결하기 위해 집착한다.

멀더와 스컬리는 40년 넘게 뉴저지 시골을 돌아다닌 전설적인 생명체를 추적한다.

멀더와 스컬리는 강력한 염력에 의해 살해된 것으로 추정되는 두 사람의 죽음을 조사한다.