Uniques survivants du massacre de Wolf 359 Borg, le commandeur Sisko et son fils Jake débarquent sur la station spatiale "Deep Space 9", positionnée à proximité de la planète Bajor et abandonnée par les Cardassiens.

Sur un avant-poste lointain, un équipage non testé s'embarque dans un voyage sans précédent.

Les retrouvailles de Kira avec un membre de la résistance bajorane la poussent à choisir entre son peuple et son devoir d'officier de la Fédération. Quant au docteur Bashir, il est très enthousiaste à l'idée de rencontrer Garak, un espion présumé.

Odo, le chef de la sécurité, est interrogé à propos du meurtre d'un individu étrange, un Bajoran. Jake, le fils du commandant Sisko, que la solitude dérange, sympathise avec Nog, un jeune Ferengi peu recommandable.

Une étrange épidémie se propage dans toute la station Deep Space Nine. Le major Kira est chargé de trouver un vaccin contre la maladie. O'Brien, touché à son tour, est soigné par le docteur Bashir, qui diagnostique une lésion cérébrale.

Le commandant Sisko est alerté qu'un vaisseau étranger s'approche de la station Deep Space Nine. C'est Tosk, un reptile, qui pilote l'engin. Il accepte non sans réticence l'aide d'O'Brien, qui lui offre de remorquer son appareil quasiment détruit.