Une journée comme toutes les autres commence sur Terre. Erica Evans, agent du FBI spécialisée dans la lutte anti-terroriste connait quelques soucis au sujet de l’éducation de son fils Tyler. Ryan s’apprête à demander la main de son amie Valérie. Mais un évènement inattendu va bouleverser la vie de ces personnes. Des vaisseaux spatiaux gigantesques apparaissent dans le ciel des plus grandes villes du monde. A la grande surprise des terriens, ces extra-terrestres qui se font appeler « les visiteurs » ont une apparence humanoïde. Anna, leur guide-suprême, explique à l’ensemble du globe qu’en échange de ressources du sous-sol terrestre, son peuple partagera son savoir et sa technologie avec les humains. Les habitants de la Terre sont divisés au sujet des V. Erica, dont le fils Tyler est séduit par le discours universel des V, enquête en compagnie de son co-équipier Dale, sur ce qu’elle croit être un réseau terroriste. Lors d’une réunion secrète, elle fait la connaissance de Georgie, un personnage mystérieux qui révèle aux participants que les Visiteurs sont en réalité des reptiles dont le seul but est d’anéantir l’espèce humaine...

Les Visiteurs poursuivent les négociations avec les Etats-Unis et plusieurs autres pays afin d'obtenir la liberté de circulation sur leurs territoires. Chad n'ayant pas aimé se faire manipuler, organise un débat où des anti-visiteurs s'expriment. Il veut prouver à Anna qu'elle n'est pas la seule à tirer les ficelles. Erica, toujours choquée d'avoir découvert que son co-équipier, Dale, était un Visiteur, demande à Tyler de ne plus s'approcher d'eux. Il lui en fait la promesse, bien que venant d'intégrer leur Programme d'Ambassadeurs de la Paix et se rapprochant de plus en plus de Lisa. Erica et Jack décident d'organiser un réseau de résistance après l'annonce de la décision des Etats-Unis d'établir des liens diplomatiques avec les Visiteurs.

Le gouvernement américain met en place des relations diplomatiques avec les Visiteurs et délivre des visas d’entrée permettant à Anna et à ses congénères de fouler le sol US. Anna entreprend de manipuler l’opinion publique en ralliant à sa cause la veuve d’un pilote de l’US Airforce décédé suite à l’arrivée des V. Chargée de protéger les hauts dignitaires V au sein même de l’Ambassade des V à New-York, suite à des menaces d’attentat, Erica découvre que les vestes des Visiteurs sont toutes équipées de micros-caméras leur permettant de contrôler les moindres faits et gestes des humains.

Anna poursuit son opération séduction auprès des humains en promettant de plus en plus de miracles sur le plan médical ; notamment grâce à l'injection d'une nouvelle molécule. Erica, Jack et Ryan, découvrent que ces injections sont inoffensives, les Visiteurs s'en sont servi pour faire diversion. Ils ont en fait introduit une molécule toxique, le R6 dans des dose de vaccins anti-grippaux. Ils détruisent l'entrepôt. La confiance s'installe entre Ryan et Erica, celle-ci se méfiait de lui après avoir appris qu'il était un Visiteur. Jack, de retour de cette opération, se fait poignarder dans l'enceinte de l'église. Anna après avoir appris que Dale avait été assassiné à bord de son vaisseau, convoque tous les suspects et demande au coupable de se dénoncer. Joshua sur le point de le faire, se fait devancer par David qui se sacrifie pour le protéger. Anna ordonne qu'il soit écorché. Tyler est invité à bord du vaisseau où Anna lui en fait visiter les parties les plus secrètes et officialise sa relation avec Lisa.

Jack est conduit dans un état critique au centre de santé des Visiteurs où ces derniers, en plus de le soigner, lui administrent une dose de R6. De son côté, Chad, ne voulant pas se sentir redevable de quoi que ce soit envers Anna, hésite à se faire soigner par les Visiteurs. Il n’est pas convaincu que le diagnostique établi par les médecins aliens à son encontre soit fondé. Grâce à la complicité du Docteur Pearlman, une Visiteur femme, Ryan découvre que le R6 contient une molécule qui interagit directement sur l’ADN humain en produisant une sorte de signal-traceur permettant aux Visiteurs de repérer les terriens. Sous couvert d’apporter leur aide au FBI dans l’enquête sur l’explosion de l’entrepôt, les Visiteurs (Marcus en tête) fabriquent un coupable-idéal en la personne de Kyle Hobbes, un mercenaire, ancien militaire. Pour les Visiteurs, Hobbes représente une menace car, grâce à son expérience des armes et de la guerre, il est tout à fait à-même de former la résistance humaine. Désireuse d’augmenter le nombre de ses soldats, Anna décide de fabriquer une armée. Elle sélectionne un V-mâle avec lequel elle va s’accoupler afin de donner naissance à une nouvelle légion.

Anna demande à Joshua de faire passer un test d'empathie à tous les visiteurs présents sur le vaisseau afin de déterminer leur capacité à ressentir des émotions humaines, et ainsi, démasquer les membres de la Cinquième Colonne. Erica, Jack, Ryan, Georgie et Hobbes prévoient de lancer un appel aux armes pendant l'intervention officielle d'Anna pour le lancement du programme « Vivre à Bord ». Craignant de voir Tyler y participer, Erica le conduit chez son père pour le mettre à l'abri. Ryan se désigne pour aller sur le vaisseau pirater le message d'Anna et en profite pour récupérer une dose de Phosphore qu'il ne peut trouver qu'à bord. Val en a besoin pour ne pas succomber à sa grossesse. Georgie, inquiet de ne pas le voir revenir décide d'aller à son secours et se sacrifie pour qu'il puisse retourner auprès de sa famille.