Il y a des années, alors qu’il était encore enfant, Afro Samuraï a vu son père, le meilleur combattant du monde, se faire décapiter au cours d’un duel par un pistolero du nom de Justice. Devenu adulte, Afro est parti à la recherche de l’assassin de son père en compagnie de son partenaire Ninja Ninja. Néanmoins, leur chemin est parsemé d’embûches et de dangers, entre les bandits de toutes sortes qui veulent affronter Afro pour s’emparer de son bandeau de deuxième meilleur combattant du monde et une secte de moine cinglés à la recherche du chemin menant à la divinité…

Ensanglanté, brisé et plus mort que vif, Afro se réveille pour découvrir qu’il se trouve dans une maison inconnue et que ses blessures sont soignées par une belle et mystérieuse jeune femme du nom d’Okiku. Malgré ses doutes, il n’a d’autre choix que de la laisser faire. Fatigué, délirant, il rêve de son passé et se remémore le moment où il a été recueilli à moitié mort par un maître du sabre et deux de ses apprentis, qui l’emmènent à leur école secrète. Petit à petit, grâce à l’enseignement de son maître, Afro devient un combattant redoutable. Et en lui grandit le désir de se venger de celui qui a tué son père…

Maintenant complètement rétabli et suivi par un Ninja Ninja toujours aussi bruyant, Afro Samurai s'est remis en route vers le Mont Shumi. Alors qu'il descend une rivière dans un petit bateau, il est à nouveau repéré par les espions des Sept Sans Ames. Grâce à Okiku, ceux-ci ont mis au point une nouvelle arme qui devrait leur permettre de se débarrasser d'Afro une bonne fois pour toutes. Et lorsque ce dernier arrive enfin au pied du Mont Shumi, il se retrouve face à son adversaire le plus redoutable à ce jour, un androïde qui lui ressemble trait pour trait : Afro Droid !

Arrivé au sommet du Mont Shumi, Afro reconnaît immédiatement l'endroit où son père s'est fait tuer. Mais il n'a pas beaucoup le temps d'y penser. En effet, il est accueilli par Kuma, un samouraï à tête d'ours en peluche qui le provoque en duel. Le combat est brutal et spectaculaire, mais malgré les nombreux coups portés et les techniques uniques utilisées de part et d'autre, aucun des combattants ne parvient à prendre le dessus ! Il y a quelque chose qui retient Afro. En effet, le style de combat de son adversaire lui semble extrêmement familier et le plonge une nouvelle fois dans le passé...

Les amis d'autrefois sont les ennemis d'aujourd'hui. Le duel entre Afro et Kuma atteint une intensité incroyable. Malgré sa passion et ses pouvoirs incommensurables, Kuma est vaincu par la colère d'Afro. Epuisé, affaibli, Afro doit néanmoins poursuivre sa route et il finit par se retrouver face à celui qu'il a passé presque toute sa vie à rechercher : Justice, l'assassin de son père. Le combat final peut enfin commencer...